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抑菌治痢疾
黄连素能抵抗微生物，对多种病菌如痢疾杆菌、结核菌、肺炎球菌、伤寒杆菌及白喉杆菌等具有抑制效果，其中对痢疾杆菌功效最强，常用于医治细菌性胃肠炎、痢疾等消化道疾病。临床关键可以治疗细菌性痢疾和肠胃炎，副作用比其它药品小很多。
降血脂
黄连素具备降胆固醇和甘油三脂的功效，其核心作用机理是黄连素能应用于3'UTR地区平稳低密度脂蛋白受体的mRNA（信使核糖核酸）来降低血脂的，与使用的他汀类降血脂药物的作用机理完全不同。这在理论上为寻找新式降血脂药物提供了新的分子靶标。
临床实验说明，内服黄连素（三个月每日1克）能使高血脂病人胆固醇、低密度脂蛋白和甘油三酯降低20%～35%。
医治心血管疾病
黄连素静脉滴注能抑制心跳的加速，关键机制是黄连素能阻隔心脏的α-受体，根据降低受体来抑止心脏的跳动，这对心率失常的病人来说是一种良药。
而且临床实验说明，黄连素不但能明显的降低血脂，对高血糖也有一定的抑制效果，能改善血液循环系统，降低血栓等产生。
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