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疟疾的病原体是疟原虫。感染人类疟原虫有四种，即间日疟原虫、卵型疟原虫、三日疟原虫和恶性疟原虫。疟疾的病原体是疟疾患者或疟原虫携带者。当病原体被雌性蚊子叮咬喝血时，疟原虫被吸入蚊子的胃。疟原虫在蚊子体内进行性生殖。当携带病原虫的蚊子再次叮咬后喝血时，会随着唾液进入体内引起感染。
疟疾的自然传播媒体是蚊子。目前，我国公认中国按蚊、巴拉按蚊、雷氏按蚊、细微按蚊、日月潭按蚊、萨氏按蚊是传播疟疾的关键媒介。每个人都可以在被传染性雌性按蚊后感染。
偶尔输入带疟原虫的血液或使用被疟原虫污染的注射针也会导致疟疾的传播。根据胎盘感染胎儿很少见。
人类对疟疾表现出广泛的易感性，在多次发病或重复感染后，再发病应更轻或无明显的疾病。表面群体在感染后会产生一定的免疫力。在高流行地区，成人的发病率较低，而儿童和移民的发病率较高。
疟疾在热带和亚热带地区很受欢迎，其次是温带地区。在流行地区，日疟疾最为广泛，三天疟疾和卵疟疾相对罕见。恶性疟疾在热带地区很受欢迎。除云南和海南地区间日疟疾外，其他地区主要是间日疟疾，主要是夏秋两季。
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